Bath Üniversitesi tarafından yapılan araştırmaya göre, ketojenik diyet uygulayan bireylerde kolesterol seviyelerinin yükseldiği ve ‘dost’ bağırsak bakterilerinin seviyelerinin azaldığı belirlenmiştir. Bu etkilerin sadece üç ay içerisinde diyete başlayan bireylerde görüldüğü ve ayrıca, ketojenik diyet uygulayanların, daha hafif karbonhidrat kısıtlamasına sahip diyet uygulayanlardan daha fazla kilo vermedikleri ortaya çıkmıştır. Uzmanlar, bu durumun uzun vadede ketojenik diyete başlayan bireylerin sağlığına zarar verebileceği konusunda uyarıda bulunmaktadır.